Une étude scientifique publiée en 2020 dans la revue Animal Microbiome (Tavenner, McDonnell & Biddle) a posé une question simple : est-ce que le microbiote intestinal d'un poulain élevé en conditions domestiques avec des granulés ressemble à celui d'un poulain qui grandit en liberté avec sa mère, à l'herbe, au contact d'autres chevaux ? NON. Et les différences apparaissent dès les premières semaines de vie.

QUE SAIT-ON AUJOURD’HUI ?
Le microbiote intestinal, c'est l'ensemble des milliards de bactéries, archées, champignons, virus… qui vivent dans le tube digestif de votre cheval. Ces organismes assurent une grande partie de la digestion des fourrages, fabriquent des vitamines, participent à l'immunité, et influencent même le comportement.
Le microbiote intestinal est important pour la réponse immunitaire, la santé du tractus gastro-intestinal, le fonctionnement du système endocrinien, le comportement et même les fonctions cognitives chez l'homme et l'animal.
Chez le cheval, des troubles gastro-intestinaux courants ont été associés à la dysbiose intestinale, notamment la fourbure, les coliques, la diarrhée et les ulcères gastriques. Ces anomalies ont été corrélées à des différences de diversité et d'abondance microbienne par rapport aux chevaux sains.  Des études portant spécifiquement sur le développement précoce de l'intestin du cheval ont montré que la communauté bactérienne du poulain se stabilise à un niveau similaire à celui d'un cheval adulte vers l'âge de 1 à 2 mois.
Le développement du microbiome du poulain semble s'établir avant le sevrage, car aucune différence dans la diversité des espèces ou la composition de la communauté microbienne intestinale n'a été observée entre les poulains ayant subi un sevrage progressif et ceux ayant subi un sevrage brutal, et les microbiomes des poulains n'étaient pas significativement différents de ceux de leurs mères dès l'âge d'un mois.
Chez le cheval ayant un régime herbivore ,  les bactéries les plus importantes sont celles qui digèrent les fibres végétales (les bactéries fibrolytiques). Ce sont elles qui permettent de tirer de l'énergie du foin et de l'herbe.

LES POULAINS EN LIBERTÉ : UN MICROBIOTE PLUS RICHE
Les 10 poulains shetland semi-sauvages de l'étude (appartenant à un groupe de 11 harems et 100 individus), élevés sur 16 ha de prairies naturelles, avec leur mère, en groupe, sans granulés, développent un microbiote significativement plus diversifié que les poulains domestiques conventionnels.
Cette diversité apporte plus de résilience : un système digestif qui gère mieux un changement d'alimentation, un stress, une maladie. C'est exactement ce qu'on observe chez les espèces sauvages par rapport aux espèces domestiquées.

Quelles étaient les bactéries plus nombreuses chez ces poulains ? Celles qui dégradent les fibres complexes des végétaux , précisément les bactéries dont le cheval adulte aura besoin pour bien valoriser son foin et son pâturage plus tard.

LES POULAINS AUX GRANULÉS : UN SIGNAL INQUIÉTANT
Chacun des 10 poulains DCM (élevé de manière conventionnelle) est né et a été gardé avec sa mère dans un box pendant sa première semaine de vie. Les poulains et leurs mères ont ensuite été transférés dans un petit enclos pendant environ 8 heures par jour jusqu'à l'âge de 45 jours. Dans la plupart des cas, il y avait deux couples poulain-mère par enclos. Le reste de la journée, chaque couple était placé dans un box avec libre accès au foin. Après leurs 45 premiers jours, les poulains et leurs mères ont été placés définitivement dans un grand pâturage avec d'autres couples poulain-mère. Les poulains avaient accès à l'alimentation de leur mère (un granulé à 14% de protéines et 12% de cellulose) pendant toute la durée de l'étude et à l'herbe dès le début de leur deuxième semaine.
Dès la 2e et la 3e semaine de vie, les poulains élevés en box avec accès aux granulés de leur mère présentent une accumulation de bactéries lactiques dans leur intestin.
Ces bactéries, les Lactobacillaceae, ne sont pas neutres. Elles prolifèrent quand il y a de l'amidon disponible dans le gros intestin, produisent de l'acide lactique, font chuter le pH intestinal, et tuent les bonnes bactéries fibrolytiques.
Le poulain mange ces granulés, tout simplement car il accède à la ration de sa mère, comme le font tous les poulains qui imitent naturellement le comportement alimentaire de leur mère.

CE QUE ÇA CHANGE POUR LA VIE ENTIÈRE DU CHEVAL
Le microbiote n'est pas figé, mais il garde la mémoire de ses débuts. Un poulain dont le système digestif a été "programmé" très tôt à traiter de l'amidon développe une communauté bactérienne adaptée à ce substrat, et devient de fait, moins bien équipé pour tirer le meilleur parti du fourrage.
Autrement dit : le "mauvais microbiote" qu'on construit dans les premières semaines pourrait expliquer, au moins en partie, pourquoi certains chevaux adultes semblent "mal digérer le foin", sont sensibles à la fourbure, ou développent des ulcères.
Ce n'est pas toujours un facteur génétique. L’alimentation des premières semaines du poulain conditionne ses futures capacités à digérer les fibres et à grandir sereinement.

QUE RETENIR CONCRÈTEMENT ?

• Un poulain qui grandit avec sa mère à l'herbe, au contact d'autres chevaux, sans granulés précoces, construit le meilleur microbiote possible naturellement, et ce, à condition que l’alimentation de la mère soit extrêmement bien suivie (un selle français n’a pas les mêmes besoins de développement qu’un shetland).
• Si vous devez complémenter après le sevrage, et que vos fourrages sont correctement équilibrés en calories, privilégiez un bon balancer protéique avec le moins d’amidon possible : les protéines sont absorbées bien avant d'arriver dans le gros intestin, et n'ont aucun impact négatif sur les bactéries fibrolytiques.
• Le foin de bonne qualité, est un allié, pas un "fourrage de remplissage" en attendant les granulés.

⚠ Introduire des granulés à base d’amidon dans les premières semaines de vie n'est pas anodin. Cette pratique, très répandue dans l'élevage intensif, a des conséquences mesurables sur la composition du microbiote dès les premiers jours. Mais cela ne veut pas dire non plus qu’il ne faut pas complémenter les poulains, surtout avec nos pratiques de pâturage actuelles et nos fourrages de qualité hasardeuse.
⚠ Attention, on parle dans cette étude d’un accès à un environnement prairial riche et diversifié. La diversité du microbiote dépend beaucoup de la qualité de cet environnement. C’est bien pour cela que si vous avez la possibilité d’aménager le lieu de vie de vos chevaux dans ce sens, c’est un véritable atout pour le développement d’un individu sain.
C’est le sens de ce que nous transmettons dans nos formations EQUIBEE.

LA PHRASE DES CHERCHEURS:
« Le mode d'élevage des chevaux semi-sauvages pourrait nous guider vers une définition du microbiote intestinal sain pour nos chevaux domestiques. »
La biologie du poulain n'a pas changé en quelques décennies d'élevage intensif. C'est notre façon de l'élever qui s'est éloignée de ce pour quoi son organisme est fait.
Un biais possible: la recherche sur le microbiote est récente et les études sur l’alimentation du poulain ont presque toujours été réalisées sur des poulains complémentés. Cela a pu influencer notre compréhension de ses capacités de digestion réelles.

Source : Tavenner MK, McDonnell SM, Biddle AS. Development of the equine hindgut microbiome in semi-feral and domestic conventionally-managed foals. Animal Microbiome 2, 43 (2020).
https://doi.org/10.1186/s42523-020-00060-6

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